Um arquivo com a extensão de arquivo PDB é provavelmente um arquivo de banco de dados de programa usado para conter informações de depuração sobre um programa ou módulo, como um arquivo DLL ou EXE. Às vezes, eles são chamados de arquivos de símbolo. O arquivo mapeia vários componentes e instruções no código-fonte para seu produto final compilado, que o depurador pode então usar para encontrar o arquivo-fonte e o local no executável em que deve parar o processo de depuração. Alguns arquivos PDB podem estar no formato de arquivo Protein Data Bank. Esses são arquivos de texto simples que armazenam coordenadas sobre as estruturas das proteínas. Outros arquivos PDB são provavelmente criados no formato de arquivo Palm Database ou PalmDOC e usados com o sistema operacional móvel PalmOS; alguns arquivos neste formato usam a extensão de arquivo .PRC. Ainda outro formato possível é Tanida Demo Builder.
Como abrir um arquivo PDB
Diferentes programas usam seu próprio arquivo PDB para armazenar dados em algum tipo de formato de banco de dados estruturado, de modo que cada aplicativo é usado para abrir seu próprio tipo. Geneious, Quicken, Visual Studio e Pegasus são apenas alguns exemplos de programas que podem usar um arquivo PDB como um arquivo de banco de dados. Radare e PDBparse também podem funcionar. Alguns arquivos PDB são armazenados como texto simples, como os arquivos do banco de dados de depuração do programa Geneious, e são completamente legíveis por humanos se abertos em um editor de texto. Você pode abrir esse tipo de arquivo PDB com qualquer programa que possa ler documentos de texto, como o programa Bloco de notas interno do Windows. Alguns outros visualizadores e editores de arquivos PDB incluem Notepad ++ e Brackets. Outros arquivos PDB não são documentos de texto e só são úteis quando abertos com o programa a que se destinam. Por exemplo, se o seu estiver relacionado de alguma forma ao Quicken, tente usar esse software para visualizá-lo ou editá-lo. O Visual Studio espera ver um arquivo PDB na mesma pasta que o arquivo DLL ou EXE. Você pode visualizar e editar arquivos PDB que são arquivos Protein Data Bank no Windows, Linux e macOS com Avogadro. Esses programas também podem abrir o arquivo: Jmol, RasMol, QuickPDB e USCF Chimera. Como se trata de texto simples, você também pode abrir um em um editor de texto. O Palm Desktop deve conseguir abrir esse arquivo se estiver no formato de arquivo Palm Database, mas talvez seja necessário primeiro renomeá-lo para ter a extensão de arquivo .PRC para que o programa o reconheça. Calibre é outra opção. Para abrir um arquivo PalmDOC PDB, tente STDU Viewer. Os arquivos do Tanida Demo Builder são abertos com um programa com o mesmo nome.
Como converter um arquivo PDB
Os arquivos do banco de dados do programa provavelmente não podem ser convertidos para um formato de arquivo diferente, pelo menos não com uma ferramenta de conversão de arquivo normal. Em vez disso, se houver alguma ferramenta que possa converter esse tipo de arquivo, é o mesmo programa que pode abri-lo. Por exemplo, se você precisar converter seu arquivo de banco de dados do Quicken, tente usar esse programa para fazer isso. Esse tipo de conversão, no entanto, provavelmente não é apenas de pouca utilidade, mas também não é suportado por esses aplicativos de banco de dados (ou seja, você provavelmente não precisa converter esse tipo de arquivo PDB para qualquer outro formato). Os arquivos do banco de dados de proteínas podem ser convertidos para outros formatos com o MeshLab. Para fazer isso, você deve primeiro convertê-lo para WRL com PyMOL do Arquivo > Salvar imagem como > VRML menu e, em seguida, importe o arquivo WRL para o MeshLab e use o Arquivo > Exportar malha como menu para converter o arquivo PDB em STL ou outro formato de arquivo. Se você não precisa que o modelo seja colorido, você pode exportar o arquivo diretamente para STL com USCF Chimera (o link de download está acima). Caso contrário, você pode usar o mesmo método acima (com MeshLab) para converter PDB em WRL com USCF Chimera e, em seguida, exportar WRL para STL com MeshLab. Para converter PDB em PDF ou EPUB, se você tiver um arquivo PalmDOC, é possível de várias maneiras, mas a mais fácil provavelmente é usar um conversor online como o Zamzar. Você pode enviar seu arquivo para esse site para ter a opção de convertê-lo para esses formatos, bem como para AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT e outros formatos de arquivo de e-book. Converter o arquivo PDB para o formato FASTA pode ser feito com o conversor online de PDB para FASTA da Meiler Lab. Também é possível converter este arquivo para CIF (formato de informação cristalográfica) online usando PDBx / mmCIF.
Ainda não consegue abrir o arquivo?
Os arquivos que não estão abrindo com nenhuma das ferramentas acima, provavelmente não são arquivos PDB. O que pode estar acontecendo é que você está interpretando mal a extensão do arquivo; alguns formatos usam um sufixo que se assemelha muito ao PDB quando na verdade não estão relacionados e não funcionam da mesma forma. Por exemplo, um arquivo PDF é um arquivo de documento, mas a maioria dos programas acima não renderizará o texto e / ou as imagens corretamente se você tentar abrir um com esses programas de software. O mesmo se aplica a outros arquivos com extensões de grafia semelhante, como arquivos DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO e WPD. PBD é outro que pertence ao programa EaseUS Todo Backup e, portanto, só é útil quando aberto com esse software. Se você não tiver um arquivo PDB, pesquise a extensão do arquivo que possui para poder encontrar o programa apropriado que o abre ou converte.
Leitura Avançada em Arquivos PDB
Você pode ler muito mais sobre os arquivos de banco de dados do programa no GitHub e no Wintellect. Também há mais para aprender sobre os arquivos do Protein Data Bank; consulte Worldwide Protein Data Bank e RCSB PDB.
